TCGA胃癌临床数据资源全面介绍---胃癌研究领域的全谱！

2006年，结核病原核生物绘出谱（The Cancer Genome Atlas, TCGA）开发计划以多形功能性质母肝细胞刺毛（GBM）、肺鳞状肝细胞乳癌（LUSC）和腹腔浆液功能性囊腹腔乳癌（OV）开始月初3年的试点概念设计，2009年~2015年下半年进行时。到概念设计截止，TCGA互联网科学研究工先为者已描述了33种结核病种类10,000余例病人的底物特点，并并不见得了很多底物变异。TCGA都有的医学更为重要特点代同上蓝绿化的原始数据搜集。为确保合理有别于这些极具原核生物特点的核心内容医学原始数据，最近TCGA收尾一批重大成果，发同上在CellPress旗下的出版物。

本文对4年末5日发同上Cell上的一文完成编译。文中所阐述以OS（总共存期）、PFI（无令人满意间隔）、DFI（无病间隔）和DSS（结核病方面存留）为四个主要医学结果往北的TCGA蓝绿结核病医学原始数据资源（TCGA-CDR）国际标准化原始档案库，并所述了每种结核病种类的往北有别于提议。TCGA医学原始数据可从原核生物原始数据共享密闭（GDC）门户网站流媒体，所有的底物原始数据在流媒体。医学原始数据和底物原始数据有别于同样的名片结构，便于病人的医学档案和检验底物原始数据定位。

TCGA蓝绿乳癌原始档案库队列特点

绘出1A为医学原始数据定位和基本原理及4个主要医学往北衍生和审核的举例来说,对33份初始注册和97份原先原始数据文件，共33种结核病种类111,60例结核病病人的档案完成了处理过程。同上1为每个TCGA队列的基本特点。按原发检验根据底物特点选入每个队列，皮肤黑色素刺毛（SKCM）的原发和移往灶两种种类都有，其它极极少数的原发与移往种类也有科学研究。

绘出1. 医学原始数据定位和基本原理及4个主要医学往北衍生和审核举例来说

同上1. TCGA 蓝绿乳癌队列特点

医学结果往北OS、PFI、DFI和DSS

总共存期（OS）很极为重要，优点是并不见得OS事件真相时模糊功能性高达。但有别于OS先为往北不太可能压制医学科学研究，因为非乳癌病因不见得能反映出生物科学、来袭功能性或对用药缓解。有别于OS或须变长的随访等待时间；很多医学试验中所，一般来说有别于相对于随访等待时间较短的DFI或PFI。针对这两项TCGA医学原始数据，要认识到短时医学随访间隔在来袭功能性结核病种类结果的极为重要功能性，因为不太可能几年内就仔细观察到医学事件真相，在失踪同一等待时间已显现病情患或令人满意。对来袭功能性较弱的结核病种类，病人在数十乃至几十年后患，随访期间不太可能尚未仔细观察足够事件真相以赞成精确结果供判断。该归纳的用意是检验TCGA蓝绿乳癌医学检验的相对于劣势和不足，个人兴趣今后的归纳和避免随访间隔等待时间不足等有缺陷。

归纳全部TCGA医学原始数据后，论据如下：在原始数据可获时，OS、PFI及DFI相对于精确，但以外情况下勉强估计DSS。绘出1B为33种不同结核病种类的OS K-M双曲线。尽管共存归纳不是TCGA主要目标，以外结核病种类共存双曲线与过去审核相同共存往北的单一科学研究各不相同，GBM、OV（2008, 2011）和高级别质刺毛（LGG）（2015）的TCGA结果就是比较好例证。PFI、DFI和DSS的K-M双曲线见绘出1C–1E。

绘出1 B-E医学原始数据归纳

基于每种结核病种类4个往北的仔细观察等待时间近似值高达随访等待时间及事件真相或检验的中所位等待时间（同上2）。所有的中所位随访等待时间为22.1个年末，但不同种类结核病该等待时间歧异极大；GBM和急功能性髓系白血病（LAML）最短约12个年末，而肾嫌色肝细胞乳癌（KICH）最长约48个年末。

同上2 总体中所位随访等待时间及4个往北的事件真相与仔细观察中所位等待时间

提拔有别于的医学结果往北

医学结果往北必需取决于科学研究目标、事件真相数量、队列大小不一和结果原始数据质量。将这些作法和整合的其它作法先为为对单个结核病原始档案库的测试者和补充检验，所述在每种结核病种类中所有别于每个结果往北的提议及或许（同上3）。每种结核病种类的共存往北须要至极少通过一个主要测试者和补充检验才被接受。33种乳癌中所的13种有别于全部4个往北：膀胱尿路上皮乳癌（BLCA）、宫颈鳞状肝细胞乳癌（CESC）、结肠乳癌（COAD）、食管乳癌（ESCA）、头颈部鳞状肝细胞乳癌（HNSC）、肾状肝细胞乳癌（KIRP）、肺腹腔乳癌（LUAD）、LUSC、OV、胰腹腔乳癌（PAAD）、肉刺毛（SARC）、胃腹腔乳癌（STAD）和阴道内膜乳癌（UCEC）。相反，很难一个往北的有嗜铬肝细胞刺毛和副神经节刺毛（PCPG）。淋巴弥漫大B肝细胞失智症（DLBC）、LAML和胸腺刺毛（THYM）勉强一个往北；剩余结核病种类2或3个往北，但其中所一些持保留发表意见。最精确的是PFI，可无保留地提拔给除LAML（无原始数据）、DLBC和KICH（认真有别于）和PCPG（不提拔）内外的4种。

同上3 往北OS,PFI,DFI及DSS的审核与提拔有别于

合理功能性TCGA-CDR及案例应用于

在乳腹腔乳癌科学研究中所，雌二醇ER有功能性病人医学共存期HRS比ER+病人顶多。分别用OS、PFI、DFI和DSS比较这两类病人的共存期（绘出3A–3D；双曲线截止于10年随访等待时间，但有别于整个原始档案库完成归纳）。单各种因素归纳显示，有别于PFI（p= 0.005）和DFI（p = 0.001）先为为医学往北，TCGA中所ER+乳腹腔乳癌病人比ER-病人有较好的共存期，但有别于OS时两类病人间不假定歧异(p = 0.097) 。此内外，两类病人的DSS（p = 0.009）有很大歧异，同上明DSS的潜在实用价值。以上请注意到证实了PFI和DFI是特定种类乳腹腔乳癌底物科学研究的更是好往北。

绘出3 合理功能性和应用于范例

此内外还合理功能性了来袭功能性GBM共存结果往北。TCGA中所GBM中所位OS为12.6个年末，介于此同一等待时间报道的国际标准用药的12.1个年末和国际标准用药联合替莫唑胺的14.6个年末中间。中所位PFI是6.1个年末，介于此同一等待时间报道的国际标准用药5个年末和国际标准用药联合替莫唑胺的6.9个年末中间。毕竟，TCGA原始档案库OS和PFI事件真相等待时间与文献保持一致。再次印证OS和PFI先为为GBM底物科学研究的医学往北效度。

用Cox百分比效用重回仿真确定高期（III、IV期）相对于高期（I、II期）结核病病人的效用比（HR），合理功能性4个往北的TCGA-CDR原始数据。由于DFI并不见得与其它结果的并不见得不保持一致，对提拔有别于OS、PFI和DSS的14种种类结核病比较logHR（同上3）。随后勉强对符合Cox百分比效用也就是说的结核病完成统计（绘出3E–3G）。最近，14种种类结核病中所，除间皮刺毛（MESO）、PAAD和葡萄膜黑色素刺毛（UVM）内外，高期对比高期HR在3个提拔往北OS、PFI及DSS上明显极差。有别于筛选检验的Wilcoxon秩和检验，当有别于PFI与DSS（p = 0.0008）或PFI与OS（p = 0.039）校准时，logHR有很大歧异，显示结核病令人满意和共存往北在HR上假定管理系统偏移；OS与DSS中间很难很大歧异（p = 0.106）。对2个logHR值的国际标准误传完成逆加权高达确定Pearson值， 由logHR估计的3种结果有极很大正方面：PFI和OS值0.96（95%均值[CI]：0.77–0.99），PFI和DSS为 0.95（95%均值：0.76–0.99），OS和DSS为0.90（95%均值：0.61–0.98）。这些方面功能性潜在赞成医学早期用PFI，后期用OS和DSS继续做往北。

除了定位底物原始数据，还无论如何归纳首次用药后无病病人与非无病病人否显现不同的新事件真相。TCGA-CDR中所29类结核病反馈主要用途应付该情况，归入病人从诊断到收尾首治并达到无病平衡状态至极少存留3个年末。以LUSC为例，有289例无病病人和41例长期以来非无病病人，NTE率分别为21.8%和68.2%。用Cox百分比效用重回仿真，请注意到在非无病病人中所NTE效用很大高于无病病人（HR = 6.68，95% CI = 4.25–10.51，FDR调整q值＜0.05）。在另内外21种结核病种类中所也有多种不同结果（同上4）。剩余7种中所很难仔细观察到这些歧异。我们也在审核否每个仿真都符合百分比效用也就是说，其中所有两个不极具备，须要科学研究等待时间依赖及多同上达式仿真来寻找或许。

同上4 非无病与无病病人NTE发展对比

TCGA从亚洲地区数百个站点搜集发生率，为应付医学原始数据不同站点间的可比功能性，须慎重考虑原始数据值得注意功能性、和病人特点等。对每种结核病而言，我们对比了同一等待时间两名发放发生率数最多的有组织来源站点（TSS）与所有其它TSS的同种结核病及4个结果往北（同上5）。

同上5 对来自同一等待时间两位TSS的每个结核病种类科学研究结果完成比较

对于GBM等极极具来袭功能性的，同一等待时间两位TSS（#1和#2）的发病许多人与其它TSS相对于多种不同的有OS、PFI和DSS，因事件真相太极少不能归纳不提拔DFI继续做往北。BRCA等较高来袭功能性，强力提拔有别于PFI和DFI，但提议认真用OS或DSS审核。TSS #1的医学原始数据激发极好的OS和DSS，但很难仔细观察到PFI歧异；另内外，同上面上TSS#1有较好的DFI结果，勉强显现3例 DFI事件真相。这种同上里不一的现象同上明该站点的结果原始数据须大幅度审核。另一方面，TSS #2的4个往北结果与其它地方保持一致。

这个单纯的结果比较同上明，当从特定结果归纳基本TCGA的医学原始数据时，须要慎重考虑TSS的几乎保持一致反馈。由于岁数、应于/分级及用药等各种因素不良影响不同TSS得病许多人的往北结果，TSS可以先为为这些和不几乎医学释义等其它尚未校准歧异的替代。

潜在的参杂各种因素、相互竞争结果的

效用及仿真也就是说

对医学共存往北归纳来说，提议有别于所处理过程的全部医学原始数据。但相对于底物/原核生物原始数据的定位归纳，要请注意两个方面。首先，提拔发表意见基于终端共存仿真，以底物变异先为预测因子分割检验集，有不太可能严重破坏结果统计的很大功能性歧异。因此，从互方面联的TCGA底物原始数据或变异TCGA-CDR结果原始数据中所证明了的论据须在单一的原始档案库中所大幅度证实。

第二，我们提议勉强有别于原发的底物原始数据，因为病人初诊时，极为重要等待时间反馈等转换的医学原始数据已搜集相对于值得注意。皮肤黑色素刺毛（SKCM）在TCGA种类中所相当多种不同，470例中所勉强103例原发，其余296例为原发局部淋巴结移往，68例远端移往。这与很极少搜集到移往刺毛的其它TCGA结核病种类形成暴发户。SKCM移往刺毛很极少极具转换的原发，而其它TCGA结核病种类尽管很极少有移往刺毛，但都极具转换的原发检验。因此，对于SKCM结果的方面功能性，提议只有别于实际数量的原发发生率，尽管SCKM淋巴结移往的III期发生率可先为为单一单单完成科学研究。

在有别于新定位的TCGA-CDR原始档案库时，还须要请注意：潜在混淆各种因素、相互竞争结果的效用及仿真也就是说。

参杂各种因素

参杂各种因素假定但被回避在仿真之内外时，偏移不太可能高估或高估真实。如在乳腹腔乳癌的种族歧异科学研究中所，白人与黑人病人中间假定极为重要的基因同上达歧异，然而根据底物变异完成调整后，这种歧异很大减极少甚至消失。治果也是潜在的参杂各种因素，当反馈可获取时应适当慎重考虑调整。用药确实时，岁数、诊治医院及诊断年份等国际标准用药先为为替代反馈能减极少部分误传顶多。对这方面的决策利用近似值机，鼓励有别于标志物HRS科学研究提议报告（REMARK）。

相互竞争结果的效用

测定DSS、DFI和PFI往北时，要对很难境况极为重要事件真相且无病的失踪病人完成审查。在这种情况下，如果也就是说病人很难其它病因，那她/他最终仍不太可能死于结核病指征。然而，在估计用药等预测因子对继发功能性结核病或心血管结核病等非指标结核病失踪效用的预测能够时，该也就是说并不可取。

仿真也就是说

应用于Cox百分比效用（PH）仿真能够检验PH也就是说。除极少数案例内外，大以外仿真都符合Cox PH也就是说，但须大幅度揭示这些受害人以找出违抗也就是说的或许，从而对HR继续做出更是可靠的估计。尽管早已为排查原始数据和应付情况付出了不小坚持不懈，但仍假定极为重要的有别于放宽，访问TCGA医学原始数据都能够探究这些放宽。

首先，TCGA主要是为底物科学研究设计，在此之后发生率必需来自多个政府部门极具更是好库存有组织的尚未用药原发发生率，因此这些发生率不都有连续功能性。此内外，对于每种不同种类/科学研究，随访原始数据很难统一搜集。同时，医学原始数据搜集的一些前提在过去不得不随着等待时间的推移而彻底改变。TCGA - CDR不都有结核病用药文化史，并非所有发生率都被释义。因此，归纳特定种类或变异的用药氛围优于统计数据功能性蓝绿乳癌归纳。当病人完成几乎保持一致用药时，充分利用要用DFI和PFI往北必要归纳。

其次，TCGA检验医学随访根据当地诊所的等待时间同上，不太可能为结核病或特定胸部的患和病人极为重要生命平衡状态的记录，因此很难TCGA指定的医学随访开发计划，勉强所述概念设计主要强调的底物特点。

再一，几乎所有TCGA获的检验和原核生物及底物原始数据来自新诊病人原发的单个腌渍，由此激发的原核生物和底物原始数据不会在密闭或等待时间任何方面明确逃逸代同上另一病人结果同上达式的异质功能性。该情况不是TCGA独有的，任何静态原发功能性科学研究都假定。

展望

这项工先为是有文化史以来第一次下半年管理着重处理过程TCGA蓝绿乳癌医学档案。由此激发的TCGA-CDR的结果往北与单一非TCGA科学研究结果保持一致，说明该资源在空同一等待时间规模的医学尺度上发放了生物观测新视角。也要认识到TCGA-CDR的内在有别于局限功能性及更为重要功能性个人兴趣和提拔发表意见。早已相当明晰，人类所结核病尚期望大规模的底物科学研究能够管理着重搜集医学病理、用药和转归事件真相原始数据，以坚持最低国际标准的医学科学研究。尽管有其局限功能性，TCGA-CDR发放了国际标准化原始档案库，以及明了的4个医学结果往北导出，并应付了质量情况，从而在蓝绿乳癌和个体水平上完成转换成科学研究。尚期望原始数据科学研究的融合将提高结果中间的可比功能性，较好地解释和赞成多次重复。

参考档案

An Integrated TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource to Drive High-Quality Survival Outcome Analytics